彩虹旗於1978年6月25日首次在舊金山同志驕傲大遊行上飛揚。
貝克創作此旗的靈感很可能源自朱迪·加蘭所唱的《Over the Rainbow》，以及死後數天所發生的石牆暴動。[3][4]此旗亦與一戰勝利勳章（英語：World War I Victory Medal (United States)）的緞帶顏色相同，但現已證實兩者並無關係。另一個說法則指出，此旗的靈感源自1960年代盛行於校園中高呼世界和平的人手持的「種族旗幟」（亦稱「人類旗幟」）。該旗是以五個平行的間條組成（由上至下分別是紅、黑、棕、黃和白）。此說法認為貝克是取材自此旗[5]，並且是在被美國詩人艾倫·金斯堡所影響的嬉皮運動中借得此旗。[6]
第一代的同性戀族群旗幟也是由貝克手工染色做成的，並且有八種顏色的條紋組成：亮粉紅、紅、橙、黃、綠、青綠、靛青和紫羅蘭。貝克把這些顏色的意義表示如下：[7]
亮粉色：性（sex）
紅：生命（life）
橙：治癒（healing）
黃：陽光（sunlight）
綠：自然（nature）
青綠：藝術（art）、魔法（magic）
靛青：和諧（harmony）、寧靜（serenity）
紫羅蘭：精神（spirit）
之後，30個志願者為同志驕傲大遊行手工紡織和上色2面彩虹旗。[8]
在1978年11月27日，首位公開出櫃的美國同性戀城市監督人、舊金山市議員哈維·米爾克（Harvey Milk）被暗殺。米爾克死後，人們對彩虹旗的需求開始大大增加。為了滿足這些需求，派拉蒙旗幟公司開始銷售由紅、橙、黃、綠、青綠、靛青和紫羅蘭七種顏色條紋組成的彩虹旗。當貝克開始銷售他設計的彩虹旗時，由於沒有足夠的亮粉紅纖維，所以將亮粉紅色從旗幟中除掉。另外，總部設於舊金山的派拉蒙旗幟公司亦公開售賣國際彩虹少女社團（英語：International Order of the Rainbow for Girls）旗幟，而貝克也成為其僱員。[9]
在1979年，彩虹旗最後一次被修改，並變成現在這個樣子。這是因為當彩虹旗被垂直掛在舊金山的市場街的時候，中間的條紋變得模糊不清。為了使得旗幟更簡單，人們去掉了青綠色。同時，靛青也被藍色取代，變成了現在六種顏色的版本的彩虹旗幟。[9]
於1989年，當約翰·斯托特起訴其地主禁止他在其加利福尼亞州西好萊塢住所的陽台上展示彩虹旗，並獲得勝訴後，彩虹旗在美國全國得到廣泛關注。[10]
2000年，夏威夷大學將其運動隊的名稱「彩虹鬥士」改為「鬥士」，並在其標誌上除去了彩虹部份。起初，運動主任休·吉田指出此改動是為了區別運動隊和同性戀。但是，當此做法招來批評時，吉田卻指出此改動是為了避免與其他品牌混淆。之後，學校允許其運動隊選擇自己的隊名，導致多種名稱迭起，其中包括「彩虹鬥士」、「鬥士」、「彩虹」和「彩虹沃希恩」。此決定於2013年5月被更改，運動隊被迫除去「彩虹」兩字。[11]
2017年3月30日，以設計同志彩虹旗聞名的美國舊金山藝術家吉爾伯特·貝克，於當地時間3月30日（北京時間3月31日）逝世，享壽65歲。[12]
八條紋旗幟（1978年）
七條紋旗幟（1978年－1979年）
六條紋旗幟（1979至今）旗幟比例：2:3
一里長旗幟
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1994年，為了紀念石牆起義25周年，貝克決定製作世上最大的彩虹旗。[13]貝克和其志願者團隊用了整整一個月來籌劃製作工程。一里長旗幟使用了基本的六種顏色，闊30英尺。後來，石牆暴動周年紀念活動的獨立贊助者都能獲得此旗上闊1英尺的一部份。世界各地的LGBT活動家亦獲得一里長旗幟的一部份。[13]《吉尼斯世界紀錄大全》後來認證一里長旗幟為世上最大旗幟。[14]
彩虹旗在台灣
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2007年，「台灣同志遊行聯盟」團隊，稱該團隊「融入了台灣在地文化」，而將六色彩虹的意涵重新定義、詮釋，用以表達「台灣同志遊行聯盟」團隊對於同志運動的關注態度以及立場。
此後，在2008、2009、2010年該團隊所主辦的台灣同志大遊行，延續此「六色彩虹宣言」的同志運動精神，號召群眾走上街頭[15]。
🟥紅色：性愛——廢除惡法，性權就是人權
🟧橙色：力量——集體展現，我們就是力量
🟨黃色：希望——勇往直前，打造希望種子
🟩綠色：自然——看見差異，自然展現本性
🟦藍色：自由——自主多元，解放身體自由
🟪紫色：藝術——活出自我，創造繽紛藝術